La Contraloría General de la República determinó hallazgos fiscales por $9.666 millones tras auditar el programa de subsidios de Vivienda de Interés Social Rural entregados entre 2000 y 2019. El informe señala que la administración de estos recursos estuvo a cargo del Banco Agrario de Colombia hasta 2017 y posteriormente del Ministerio de Agricultura, encontrando fallas en la supervisión, control y ejecución que derivaron en irregularidades con presunta incidencia fiscal, penal y disciplinaria.
La auditoría del ente de control también evidenció retrasos significativos en la ejecución de los subsidios otorgados en 2018 y 2019. De los 13.195 subsidios asignados en ese periodo, solo 2.412 fueron finalizados, mientras 10.461 continúan pendientes. Parte de estos subsidios fueron administrados mediante contratos con la fiduciaria Fiduagraria S.A., los cuales han sido modificados y prorrogados, pero aún enfrentan dificultades financieras y operativas que han impedido el cierre del programa.
Además, en la estrategia de autogestión del Ministerio de Agricultura, impulsada para entregar subsidios a beneficiarios, se otorgaron 670 resoluciones para construcción de vivienda rural, pero a julio de 2025 solo se habían concretado 158 viviendas. La Contraloría General advirtió que las demoras, los recortes presupuestales y las deficiencias en la supervisión han afectado el cumplimiento del programa de subsidios de Vivienda de Interés Social Rural y el acceso efectivo de las familias beneficiarias a una vivienda digna.
